שיטת פאולה במערכות פנימיות של הגוף

שינוי היכולת של תפקודי הגוף בתחומי המערכות הפנימיות הבלתי רצוניות כגון הריאות ומערכת הנשימה, צינור העיכול ותפקוד המערכת הנשית על ידי תרגול שיטת פאולה הוא תופעה שנצפתה על ידי רופאים ומורים אך אינה ניתנת להסבר. קבוצת השינויים החלים במערכות הפנימיות, הבלתי רצוניות בעקבות תרגול השיטה כוללת לדוגמה: מעקב גניקולוגי לגבי מיקומו של רחם שאובחן כנמוך מן הרצוי בתחילת הטיפול והראה עלייה במיקומו לאחר טיפול בשיטה. איכות ההתכווצות של מערכת העיכול עולה על ידי תרגול אצל אנשים עם בעיות עיכול שונות דבר הניכר בשיפור החל בהפרעות כמו עצירות כרונית. שינויים לטובה במקרים של בעיות נשימה או שיפור ביכולת ההתרוקנות של שלפוחית השתן ניכרים הן דרך העלמות הסמפטומים והן דרך מעקב רפואי.